食品污染问题主要包括以下几类：

微生物污染

包括细菌、病毒、霉菌等微生物及其毒素。例如，沙门氏菌、大肠杆菌等细菌会对人体健康造成严重影响。

化学污染

包括农药残留、重金属污染、添加剂过量等。这些化学物质对人体健康的影响具有长期性和潜伏性，不易被察觉。

物理污染

包括异物、杂质等，如头发、铁丝、玻璃等。这些物质会对消费者的健康造成直接威胁。

转基因食品

转基因食品的安全性问题一直备受争议，其对人体健康的影响尚无定论，需要进一步研究和探讨。

食品掺假使假

如粮食中掺入的沙石、肉中注入的水、奶粉中掺入大量的糖等，这些行为严重影响了食品的质量和安全性。

放射性污染

主要来自放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染。放射性核素可能通过食物链进入食品，对人体健康构成威胁。

天然有害物

食品中存在的天然有害物，如河豚中的河豚毒素、发芽和绿皮马铃薯中的龙葵碱糖苷、大豆中的胰蛋白酶抑制剂、毒蘑菇中的蘑菇毒素等。

环境污染物

如铅、汞等重金属元素，通过环境污染进入食品，影响食品安全。

食品添加剂滥用

如过量使用防腐剂、发色剂、甜味剂等，可能对人体健康造成急性或慢性危害。

食品加工、贮存、运输及烹调过程中产生的物质

如高温下加工食品可能生成的丙烯酰胺，烟熏、烘烤过程中可能产生的多环芳烃类物质等，这些物质具有潜在致癌性。

综上所述，食品污染问题涉及多个方面，既包括生物性、化学性、物理性污染，也包括转基因食品的安全性问题。为保障食品安全，需要从多个环节进行严格监控和管理。