食品生产企业在不同阶段和不同情况下需要以下证件：

营业执照：

企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户、农民专业合作组织等可以申请食品生产许可证，这是合法经营的基础。

食品生产许可证：

向当地市场监督管理局申请，需提供厂房、设备、环境等相关证明材料。如果是小作坊，需要办理小作坊证；如果是食品厂，需要食品生产许可证；如果是散装零售批发，需要食品流通许可证。

食品经营许可证：

如果企业涉及到食品的销售环节，可能需要取得食品经营许可证。办理食品经营许可证需要提供相关材料，包括食品安全规章制度等。

税务登记证：

从事生产、经营的纳税人需要向主管税务机关申报办理税务登记，取得税务登记凭证。

组织机构代码证：

由全国组织机构代码管理中心负责办理。

健康证：

食品生产经营人员必须每年进行健康检查，并取得健康证明后方可上岗工作。

消防安全证书：

企业需要通过消防检测并验收合格，取得消防安全证书。

环保许可证：

根据实际需要，企业可能需要办理环保许可证。

出口备案：

产品出口销售时，需要办理出口备案。

ISO认证：

虽然ISO9000认证和ISO22000认证不是强制性的，但许多企业会自愿进行这些认证，以提高企业的质量管理水平。

GMP认证：

虽然GMP认证在食品行业不是强制性的，但有条件的食品企业可以选择进行，以符合国际食品安全标准。

BRC认证：

出口客户可能需要BRC认证，以证明企业符合特定的食品安全和质量管理要求。

综上所述，食品生产企业在运营过程中需要办理多种证件，以确保合法合规经营，并满足不同的管理和监管要求。