在食品中，可以使用的菌种包括以下几类：

双歧杆菌属

青春双歧杆菌

动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）

两歧双歧杆菌

短双歧杆菌

婴儿双歧杆菌

长双歧杆菌

乳杆菌属

嗜酸乳杆菌

干酪乳杆菌

卷曲乳杆菌

德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌）

德氏乳杆菌乳亚种

发酵乳杆菌

格氏乳杆菌

瑞士乳杆菌

约氏乳杆菌

副干酪乳杆菌

植物乳杆菌

罗伊氏乳杆菌

鼠李糖乳杆菌

唾液乳杆菌

链球菌属

嗜热链球菌

假单胞菌属

该属细菌为革兰阴性无芽孢杆菌，需氧，嗜冷，在pH5.0-5.2下生长，是典型的腐败菌，在肉和鱼上容易繁殖，多见于冷冻食品。

微球菌属和葡萄球菌属

微球菌属是革兰阳性球菌，嗜中温，营养要求较低，需氧；葡萄球菌属也是革兰阳性球菌，嗜中温，营养要求较低，需氧或厌氧。

芽孢杆菌属和芽孢梭菌属

芽孢杆菌属需氧或兼性厌氧，是罐头类食品中常见的腐败菌；芽孢梭菌属厌氧，属中温菌者多，间或有嗜热菌。

肠杆菌科各属

该科细菌为革兰阴性的嗜中温杆菌，需氧及兼性厌氧，多见于水产品、肉及蛋，除志贺菌属及沙门属外，皆是常见的食品腐败菌。

弧菌属和黄杆菌属

这两属细菌均为革兰阴性、兼性厌氧菌，主要来自海水或淡水，在低温和5%食盐中均可生长，在鱼类等海产品中多见，黄杆菌属还能产生色素。

嗜盐杆菌属和嗜盐球菌属

这两属细菌为革兰阴性嗜氧菌，嗜盐，可在12%食盐甚至更高的食盐浓度中生长，多见于咸鱼类，且可产生橙红色素。

产碱杆菌属

该属细菌为革兰氏阴性棒状杆菌，无芽孢，严格好气，化能有机营养型，大多营养简单，不能发酵糖类，但能产碱，不产色素，广泛存在于各种腐烂物质中。

沙雷氏菌属

该属细菌为革兰氏阴性、杆状、好氧，能分解蛋白质，有时能产生红色素，而不产色素的菌株则比较少见，液化沙雷氏菌是与食物中毒相关的最常见的菌株。

弧菌属

该属细菌为革兰氏阴性，直形或弯曲形杆菌，极生鞭毛，兼厌气性，通常需要一定浓度的盐，可污染咸鱼咸肉，有几株菌株能够引起人体肠胃疾病或其他疾病。

志贺氏菌属

该属细菌为革兰氏阴性，杆状，不运动，无芽孢，无荚膜，不能利用柠檬酸盐，能产酸但不产气，广泛存在于人体肠道中。

气单胞菌属

该属细菌为典型的水生革兰氏阴性棒状杆菌，极生鞭毛，兼厌气性，能发酵糖类产生大量气体，通常出现在鱼体中。

弯曲杆菌属

该属细菌为革兰氏阴性，弯曲成螺旋杆状，厌氧或微好氧。

梭状芽孢杆菌属

该属细菌为杆状，革兰氏阳性，形成的卵圆形芽孢使母细胞膨胀成梭状，厌气性，能分解糖产生多种有机酸及产气，有的能产生毒素。