食品工厂需要办理一系列证件以确保合法合规运营。以下是主要的证件和步骤：

营业执照

需要携带身份证原件及复印件到当地工商部门登记名称，并办理营业执照。

食品生产许可证

向当地市场监督管理局申请，需提供厂房、设备、环境等相关证明材料。

如果是小作坊，需要办理小作坊证；如果是食品厂，则需要食品生产许可证；如果是散装零售批发，则需要食品流通许可证。

食品经营许可证

需要向当地食品药品监督管理部门提交申请，并提供相关材料，包括食品经营许可申请书、营业执照复印件、食品安全专业技术人员情况登记表、租赁合同复印件、经营场所布局图、主要设备设施布局以及操作流程文件、食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等规章制度。

税务登记证

从事生产、经营的纳税人需要向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记。

组织机构代码证

由全国组织机构代码管理中心（国家质检总局下设单位）负责办理。

健康证

所有直接接触食品的工作人员，如厨师、卫生清洁员等，必须每年进行健康检查并持有当年的健康证。

环保审批

需要向当地环保部门申请，提供厂房、设备、污染物排放等相关材料，以确保生产活动符合环保要求。

消防审批

确保厂房和设备符合消防安全要求，需要提供相关的消防设施和材料。

食品安全管理体系认证

根据食品安全法规定，食品加工企业需要建立食品安全管理体系并获得认证。

其他特定证书

根据具体的岗位和工作内容，可能还需要考取如微生物检测证、乳制品检验证、糕点检验证、肉制品检验证等特定的专业技能证书。

综上所述，食品工厂需要办理的证件包括营业执照、食品生产许可证、食品经营许可证、税务登记证、组织机构代码证、健康证、环保审批、消防审批、食品安全管理体系认证，以及可能需要的特定专业技能证书。这些证件共同确保了食品工厂的合法合规运营和食品安全。