在食品发酵中，常用的菌种包括以下几种：

酵母菌

广泛应用于面包、啤酒、葡萄酒等食品和饮料的发酵。

酵母菌是一种单细胞真菌，能够将糖类转化成为二氧化碳和乙醇，在有氧和无氧环境下均能生存和发酵。

乳酸菌

常用于酸奶、奶酪、发酵蔬菜等食品的制作，也用于某些药物和保健品的生产。

乳酸菌是一种革兰氏阳性球菌，能够将碳水化合物发酵产生乳酸，从而改变食品的酸碱度。

醋酸菌

用于食醋的制作，也有一定的应用于药物和有机化工产品的生产。

醋酸菌是一种革兰氏阴性杆菌，能够将乙醇氧化成醋酸。

嗜热菌

被广泛应用于食品加工和医药工业，常用于产生食源性菌毒素的有毒菌株的杀灭。

嗜热菌能在较高的温度下生长，适用于高温发酵过程。

其他菌种

链球菌属：包括嗜热链球菌和乳杆菌，主要用于高温下乳制品的酸化过程。

乳球菌属：主要用于乳品发酵中的酸化过程。

曲霉：包括黑曲霉和米曲霉，常用于发酵豆制品如豆腐乳、豆豉等。

芽孢杆菌：如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等，具有耐高温、分泌多种酶类等特性，广泛应用于饲料发酵。

根据不同的发酵需求和食品类型，可以选择适合的菌种进行发酵。例如，面包制作通常使用酵母菌，酸奶和奶酪制作则主要使用乳酸菌，而食醋制作则主要使用醋酸菌。在饲料发酵中，则常使用乳酸菌、芽孢杆菌和酵母菌等。

这些菌种在食品发酵中发挥着重要作用，不仅能够改善食品的口感和风味，还能提高食品的营养价值和安全性。建议根据具体需求选择合适的菌种，并进行适当的发酵条件和工艺控制，以获得最佳发酵效果。