食品中的菌类主要包括以下几类：
细菌：
在食品中生长繁殖的细菌是自然界细菌中的一部分，这些细菌及其毒素污染食物后可导致食品质量（包括安全性、营养价值和感官性状等）发生不良改变。根据其对人体的致病能力，食品中的细菌可分为三类：致病菌、条件致病菌和益生菌。常见的致病菌有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、致泻大肠埃希氏菌、副溶血性弧菌、克罗诺杆菌属（阪崎肠杆菌）等。
真菌：
食品中的真菌主要包括霉菌和酵母菌等。霉菌是以缠结形式生长的丝状真菌统称，可形成分枝繁茂的菌丝体，而不像蘑菇等产生巨大的子实体。常见的霉菌有曲霉、青霉、毛霉等。酵母菌则是一种单细胞真菌，可用于制作面包、酒等食品。
食用菌：
食用菌是指子实体硕大、可供食用的蕈菌（大型真菌），通称为蘑菇。常见的食用菌有香菇、草菇、蘑菇、木耳、银耳、猴头、竹荪、松口蘑（松茸）、口蘑、红菇、灵芝、虫草、松露、白灵菇、牛肝菌等。这些食用菌不仅味美，而且营养丰富，含有丰富的蛋白质和氨基酸。
药用菌：
药用菌指的是具有药用价值的大型真菌，如冬虫夏草、灵芝、柏树菌、密环菌、猴头菇等。这些药用菌在中药中被称为上品，具有强身健体、延年益寿的功效。
总结来说，食品中的菌类包括细菌、真菌（包括霉菌和酵母菌）、食用菌和药用菌。这些菌类在食品中的应用广泛，既有营养价值，也有药用价值。在选择食品时，应注意食品的来源和菌类的种类，以确保食品安全和健康。
