生产宠物食品需要以下证件：

工商部门营业执照：

这是开展任何商业活动的基础证件，也是合法经营的必备证明。在申请营业执照时，需要提供公司的基本信息、业务范围、注册资本等相关资料，并通过工商行政管理部门的审核。

卫生部门食品经营许可证（或食品生产许可证）：

由于宠物食品属于食品范畴，因此需要取得食品经营许可证或食品生产许可证。这一证件证明了宠物食品的生产或销售过程符合食品安全标准。在申请时，需要提交营业执照、食品生产或销售的相关资料，并通过食品药品监督管理部门的现场核查。

卫生许可证：

宠物食品的生产或销售场所需要满足一定的卫生条件，因此需要申请卫生许可证。这一证件证明了经营场所的卫生状况符合相关要求。在申请时，需要提交经营场所的卫生设施、消毒记录等材料，并通过卫生行政部门的审查。

防疫部门动物防疫条件合格证：

为确保宠物食品的安全生产，需要具备动物防疫条件合格证。这一证件证明了宠物食品的生产或销售场所在防疫工作方面符合要求。在申请时，需要提交防疫设施、防疫措施等相关资料，并通过动物卫生监督机构的审查。

饲料生产企业审查合格证：

如果宠物食品生产企业同时生产其他类型的饲料，可能还需要办理饲料生产企业审查合格证。

ISO9001和HACCP体系双认证：

能够通过这些认证更好，虽然不是必需的证件，但有助于提高企业的质量管理水平和市场竞争力。

出口宠物食品生产企业还需办理的相关证件：

根据《进出口饲料和饲料添加剂检验检疫监督管理办法》，出口宠物食品生产企业需要实施注册登记制度，并获得海关的注册登记。此外，国外官方对进口宠物食品有注册登记或备案要求的还需要满足进口国的官方要求。

综上所述，生产宠物食品需要办理的主要证件包括工商部门营业执照、卫生部门食品经营许可证（或食品生产许可证）、卫生许可证和防疫部门动物防疫条件合格证。如果涉及出口业务，还需要办理海关注册登记等额外手续。