在食品中，有多种菌种被广泛应用，它们包括：
双歧杆菌属
青春双歧杆菌
动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）
两歧双歧杆菌
短双歧杆菌
婴儿双歧杆菌
长双歧杆菌
乳杆菌属
嗜酸乳杆菌
干酪乳杆菌
卷曲乳杆菌
德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌）
德氏乳杆菌乳亚种
发酵乳杆菌
格氏乳杆菌
瑞士乳杆菌
约氏乳杆菌
副干酪乳杆菌
植物乳杆菌
罗伊氏乳杆菌
其他菌种
香菇
金针菇
草菇
平菇
猴头菇
竹荪
灵芝
紫芝
蜜环菌
冬虫夏草
毛木耳
木耳
银耳
滑子菇
灰树花
真姬菇
双孢蘑菇
松口蘑（松茸）
口蘑
红菇
羊肚菌
马鞍菌
块菌
这些菌种在食品中的应用包括：
发酵食品：如酸奶、酸性奶油、马奶酒、干酪、豆腐乳、豆豉、纳豆、泡菜、酸菜、醋、黄酱、酱油、甜味剂、增味剂和味精等。
食用菌类：如香菇、草菇、蘑菇、木耳、银耳、猴头、竹荪、松口蘑、口蘑、红菇、灵芝、虫草、松露、白灵菇和牛肝菌等，它们不仅美味，还富含多种营养成分，具有保健和药用价值。
调味品和风味添加剂：某些菌种的粉末用作食品风味添加剂，例如，浓香乳菇的粉末可以防止食物变馊。
通过这些菌种的应用，食品不仅能够提升口感和风味，还能增加营养价值，并为消费者提供健康益处。
