办一个食品加工厂的主要手续流程如下：

公司名称预先核准

到工商部门进行公司名称预先核准，以确定公司名称的合法性和唯一性。

办理组织机构代码证

到质监部门办理组织机构代码证赋码，这是公司合法运营的必要证件。

办理生产许可证（QS证）

到质监局办理生产许可证，即QS证，这是食品加工厂合法生产的前提。

办理营业执照

到工商部门办理营业执照，这是公司正式运营的基本证件。

办理税务登记证

到税务局办理税务登记证，以便进行税务申报和缴纳。

银行开户

在银行开设公司账户，用于日常的资金往来和财务管理。

环保、消防、安全等“三同时”手续

根据改扩建项目，办理环保、消防、安全等“三同时”手续，确保生产环境符合相关法规要求。

取得生产厂房产权或使用权

确保所租赁或购买的厂房可以用于工业用途，并办理相关的产权或使用权手续。

厂房设计与施工图纸

完成厂房设计与施工图纸，并进行设备选型，确保生产设施符合生产需求。

办理各项许可

办理取水许可、排污许可、户外广告许可、商品条码等必要许可。

设备安装调试与验收

完成厂房验收和设备安装调试，同时办理计量检定、特种设备、易制毒/易制爆备案、安全生产许可等手续。

建立食品安全管理体系

建立食品安全管理体系，并办理食品生产许可，确保生产过程符合食品安全标准。

食品相关产品生产许可

如果生产包装食品，需要前置办理食品相关产品生产许可。

出口食品生产企业备案

准备对外出口的企业需要办理出口食品生产企业备案。

体系认证

有余力的企业可以办理体系认证，如ISO22000、HACCP等，以提升企业管理和产品质量。

以上是办一个食品加工厂的主要手续流程，具体流程和所需材料可能因地区和行业而异，建议在办理过程中详细咨询当地相关部门并严格按照法规要求进行操作。