霉菌在食品工业中的应用非常广泛，它们可以生产多种食品和调味品。以下是一些主要的应用实例：
酿造食品
豆腐乳：毛霉能产生蛋白酶，分解大豆蛋白，是制作豆腐乳的常用菌。
豆豉：利用某些霉菌发酵粮食或豆类制成。
酱油：酱油的生产主要依赖于米曲霉、酱油曲霉等霉菌。
酱类：包括大豆酱、蚕豆酱、面酱、豆瓣酱等，都是利用米曲霉等微生物发酵粮食或豆类制成。
醋：食醋的发酵也用到霉菌，主要是曲霉属。
酒精饮料
米酒：利用霉菌酿制米酒在我国有着悠久历史，酒曲中常用的有米曲霉、黑曲霉、红曲霉等。
酒曲：用于制作甜酒和小曲的主要含根霉。
酶制剂和其他产品
淀粉酶：霉菌分泌的淀粉酶可以把谷类、薯类中的淀粉转化成糖，根霉、毛霉、曲霉等都是常用的糖化菌。
柠檬酸：发酵生产柠檬酸的主要是黑曲霉。
青霉素：霉菌在医药工业中也有广泛应用，例如生产青霉素。
其他发酵产品
发酵饲料：霉菌在发酵工业中广泛用来生产发酵饲料。
食品原料：霉菌能把加工所用原料中的淀粉、糖类等碳水化合物、蛋白质等含氮化合物及其它种类的化合物进行转化，制造出多种多样的食品和调味品。
综上所述，霉菌在食品工业中的应用非常广泛，涉及酿造、酒精生产、酶制剂制造等多个方面。通过利用不同的霉菌菌种，可以生产出多种传统和现代食品，如豆腐乳、豆豉、酱油、酱类、醋、米酒等。同时，霉菌的应用也带来了食品安全和健康的风险，因此在生产过程中需要严格控制和监测。
