特色功能食品的种类繁多，可以根据不同的分类方式进行划分。以下是一些主要的分类及其例子：

按来源分类

水果：如猕猴桃、橘子、苹果、蓝莓、黑莓、树莓等，富含纤维、维生素和矿物质，具有抗氧化、保护肝脏等健康益处。

蔬菜：如花椰菜、卷心菜、甜菜等，含有有助于消化和排毒的化合物，以及抗癌成分如萝卜硫素。

坚果：如杏仁、核桃、奇亚籽、亚麻籽等，提供健康脂肪、蛋白质和纤维，支持心脏健康、胆固醇水平和炎症反应。

种子：如奇亚籽、亚麻籽等，含有多种营养成分，对预防癌症、心脏病和糖尿病等慢性疾病有益。

按科技含量分类

第一代产品（强化食品）：如高钙奶、益智奶、鳖精、蜂产品、乌骨鸡、螺旋藻等，通过添加营养素来满足特定营养需求。

第二代产品（初级产品）：如三株口服液、脑黄金、脑白金、太太口服液、恒宁固之宝等，需要经过人体及动物实验证实具有某种生理功能。

第三代产品（高级产品）：如防感宝贝、鱼油、多糖、大豆异黄酮、辅酶Q10、纳豆、金御稳糖等，不仅需要实验证实功能，还需查清功效成分及其作用机理。

按功能分类

日常功能性食品：根据不同的健康消费群（如婴儿、学生、老年人等）设计，旨在促进生长发育、维持活力和精力，强调防御功能和调节生理规律。

特种功能性食品：针对特定消费群的身体状况，强调食品在预防疾病和促进健康方面的调节功能，如减肥功能性食品、提高免疫调节的功能性食品和美容功能性食品等。

按成分分类

葡萄籽提取物：含有丰富抗氧化剂，减少自由基对细胞的伤害，预防心血管疾病和癌症。

酵素饮品：提高肠道健康，帮助消化和吸收营养。

胶原蛋白：保持皮肤弹性，减少皱纹和细纹。

Omega-3脂肪酸：对心脏健康有益，降低胆固醇、调节血压和改善心血管功能。

这些分类方式并不是相互排斥的，一种特色功能食品可能同时属于多个分类。例如，葡萄籽提取物既是一种特种功能性食品，也可以归类为日常功能性食品中的美容功能性食品。