食品公司在运营过程中需要办理一系列证件以确保合法合规经营。以下是主要的证件列表：

营业执照：

这是从事合法商业活动的基本前提，无论是注册个体经营者还是公司，都需要依照相关流程办理营业执照。

食品生产许可证 （或食品经营许可证）：如果公司涉及食品的生产，则需要办理此证。对于同时从事生产、销售的企业，可能需要同时办理生产许可证和食品经营许可证。

税务登记证：

自领取营业执照之日起30日内，企业需要向当地税务局申请领取地税税务登记号。

组织机构代码证：

拿到营业执照后，企业可以凭借营业执照到技术质量监督局办理组织机构代码证。

健康证：

员工根据岗位情况可能需要取得健康证，以证明其健康状况适合从事食品相关工作。

环保审批：

新开工项目必须经过环境影响评估，编制环境影响报告书，并获得国家环境主管部门的批准，即环评批复。

消防审批许可证：

消防检测审批是开设食品公司的重要环节，需要请专业人员操作，检验合格后获得相关部门发放的证件。

食品流通许可证：

如果食品公司涉及食品的销售，则需要办理此证。

ISO9001国际质量管理体系及HACCP食品安全管理体系认证：

一般管理良好的企业还需通过这些认证，以确保食品质量和安全。

其他相关证件：

根据具体业务需求和法规要求，可能还需要办理其他证件，如药品生产许可证、药品生产质量管理规范认证证书（GMP证）等。

综上所述，开设食品公司需要办理的证件较多，建议在具体操作前咨询当地相关部门或专业律师，以确保所有证件均符合法规要求。