食品中细菌的标准主要包括以下几个方面：

菌落总数

菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1克或1毫升检样中所含细菌菌落的总数。它反映了食品的新鲜度、被细菌污染的程度、生产过程中食品是否变质以及食品生产的一般卫生状况。

大肠菌群

大肠菌群包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的肠居菌，随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大，因此大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品质量具有广泛的意义。

致病菌

致病菌是指能够引起人们发病的细菌。对不同的食品和不同的场合，应选择一定的参考菌群进行检验。例如，海产品以副溶血性弧菌为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等为参考菌群，罐头食品以耐热性芽孢菌为参考菌群等。致病菌在食品中的限量标准严格，如沙门氏菌在各类食品中的限量值为0，金黄色葡萄球菌在各类食品中的限量值为100 CFU/g。

霉菌及其毒素

虽然我国尚未制定出霉菌的具体指标，但由于很多霉菌能够产生毒素，引起疾病，因此应对产毒霉菌进行检验。例如，曲霉属的黄曲霉、寄生曲霉等，青霉属的橘青霉、岛青霉等，镰刀霉属的串珠镰刀霉、禾谷镰刀霉等。

其他指标

微生物指标还包括病毒，如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒、猪水泡病毒等。此外，寄生虫如旋毛虫、囊尾蚴、猪肉孢子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等也被列为微生物检验的指标。

这些标准共同构成了食品微生物检验的框架，旨在确保食品的安全性和卫生质量。食品生产经营者应严格遵守这些标准，以保障消费者的健康。