南京的石油炼制公司主要有以下几家：

扬子石化

扬子石化是中国石化集团旗下的重要企业，主要从事石油炼制及烃类衍生物的生产加工和销售。它拥有1250万吨/年的炼油能力、80万吨/年的乙烯生产能力和140万吨/年的芳烃生产能力。

金陵石化

金陵石化组建于1982年，位于南京市东北郊栖霞区，是国家第二个“五年计划”重点项目。它主要从事石油炼制及石化产品的加工生产和销售，拥有万吨级原油和成品油码头，自备铁路线直接连接华东地区大的尧化门铁路编组站，与禄口国际机场有高速公路相通，地理位置得天独厚。

镇海炼化

镇海炼化拥有2700万吨/年的原油加工能力和220万吨/年的乙烯生产能力，管理码头吞吐能力约1.2亿吨，是中国石化第三大原油加工基地、亚洲主要的洗涤剂原料生产基地，也是华东地区重要的原油中转枢纽和成品油、化工原料供应基地。

南京炼油厂有限责任公司

该公司成立于2007年12月19日，位于南京市栖霞区，主要从事原油加工及石油制品制造。它是南京炼油厂旗下的企业，拥有较大的生产规模和较为完善的销售网络。

江苏万邦石油化工有限公司

这是一家专业从事石油炼制及深加工相配套的化工产品的研发、生产和销售的企业，原名为南京万尔美石油化工有限公司，成立于1995年，预计2010年5月后全面投产。

南京扬子石化炼化有限责任公司

该公司成立于1993年12月28日，位于南京市江北新区，主要从事危险化学品生产经营、食品添加剂生产和一般石油化工产品销售。

这些公司在南京地区的石油炼制产业中占据重要地位，不仅具备强大的生产能力和先进的技术，还在国内外市场上发挥着重要作用。